Không chỉ là một Giám mục được giáo dân yêu quý, ông còn là tác giả nhiều sách đạo và sách học, như các sách về ngữ pháp Latin và tiếng Pháp, sách giáo khoa Toán và Văn học Việt Nam.

Trong thời gian 10 năm là Bề trên của Dòng Thánh Tâm, ông đã cho mở 4 trường tiểu học bổ túc do các sư huynh trong Giáo đoàn đảm nhận giảng dạy tại Trường An, Kim Long, Phú Cam và Lại Ân cho các chủng sinh trước khi vào Chủng viện. Ông cũng cho mở nhà in "Thánh Tâm" (lúc đầu gọi là Trường An ấn quán) để in sách báo, tài liệu Công giáo của Hạt Đại diện Tông Tòa Huế. Thượng thư Nguyễn Hữu Bài đã dâng cúng thửa vườn và nhà cửa để lập cơ sở này.

Năm 1937, ông cho lập trường tiểu học Trung Linh. Từ năm 1938, ông đã cải tổ Tiểu chủng viện theo chương trình mới, để đào tạo linh mục. Năm 1937, khai trương Đại chủng viện từ Bùi Chu, qua Phú Nhai, rồi tiến tới Đại chủng viện Quần Phương vào năm 1940, một chủng viện đầu tiên do giáo sĩ Việt Nam điều khiển.

Tên ông từng được đặt tên cho cho một trường Trung học tại Giáo xứ Lục Thủy, thuộc xã Xuân Hồng, huyện Xuân Trường, Nam Định, được thành lập năm 1949. Sau năm 1954, trường dời vào Nam, vẫn lấy tên là Hồ Ngọc Cẩn, với trụ sở chính thức tại Bà Chiểu, Gia Định. Sau năm 1975, trường đổi tên thành trường Trung học Nguyễn Đình Chiểu, đến năm 1977 đổi thành Trường Tiểu học Nguyễn Đình Chiểu cho đến ngày nay (2013).

Ngoài ra, tên ông còn được đặt cho một con đường ở Sài Gòn từ năm 1967. Tên đường này vẫn được giữ cho đến ngày nay, thuộc địa bàn phường Tân Thành, quận Tân Phú, Thành phố Hồ Chí Minh (2010).